Тут как такого выбора нет, Updater это плагин обновляющий Loader сразу у вас на сервере, а Loader это плагин подгружающий другие плагины. Для чего это? Loader позволяет создателям серверов не мониторить сайт, чтобы узнать об обновлении того или иного плагина, так же позволяет быстрее и безопаснее передавать плагины, вместо того чтобы кидать dll-ки в разные личные сообщения. Updater сделан отдельным плагином, так как процесс убивающий свой файл не является безопасным способом обновления.